O Curso de Mestrado em Agroquímica visa aprofundar os conhecimentos científicos adquiridos na formação acadêmica, além de promover a competência pedagógica, ética e científica, formação de docentes e pesquisadores para gerar e adaptar conhecimentos e/ou tecnologias na área de agroquímica. Além disso, o curso visa formar profissionais que possam atuar como pesquisadores e/ou como docentes da educação profissional, da graduação e da pós-graduação.