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metadata.dc.type: Dissertação
Title: DIVERSIDADE GENÉTICA DE POPULAÇÕES DE TOMATO CHLOROSIS VIRUS EM TOMATEIRO BASEADO NO GENE DA PROTEÍNA P22
Other Titles: Genetic diversity of Tomato chlorosis virus population in tomato plant on the basis of p22 protein gene.
metadata.dc.creator: Coêlho, Laysla Morais
metadata.dc.contributor.advisor1: Albuquerque, Leonardo Cunha de
metadata.dc.contributor.referee1: Albuquerque, Leonardo Cunha de
metadata.dc.contributor.referee2: Inoue-Nagata, Alice Kazuko
metadata.dc.contributor.referee3: Barbosa, Júlio César
metadata.dc.description.resumo: Tomato chlorosis virus(ToCV), gênero Crinivirus, família Closteroviridae, é um patógeno importante para a tomaticultura e tem sido relatado em vários países, incluindo o Brasil. ToCV tem genoma bipartido, constituído por duas moléculas de RNA fita simples, sentido positivo, encapsidadas separadamente em uma partícula alongada e flexuosa. Sua transmissão ocorre naturalmente por algumas espécies de mosca-branca. Plantas de tomate infectadas exibem sintomas característicos de clorose internerval, redução do vigor e, consequentemente, diminuição da produtividade. No entanto, pouco se sabe sobre a estrutura populacional desse vírus no país. Considerando a importância da espécie como um problema para a cadeia produtiva de tomate, objetivou-se estudar a estrutura genética de populações de ToCV, baseada na sequência completa da ORF2, que codifica a proteína p22, descrita como um supressor de silenciamento gênico. O estudo teve por base as sequências de isolados obtidos de amostras de Solanum lycopersicum (tomate), coletadas nos anos de 2015 e 2016 nos estados de Goiás (GO), Paraná (PR) e Rio de Janeiro (RJ). Foram obtidos 28 clones, e as sequências nucleotídicas analisadas juntamente com outras sequências foram obtidas do GenBank. As sequências dos isolados do Brasil foram comparadas com sequências de isolados da Coreia do Sul (KOR) e da Espanha (ESP). Os resultados confirmam a subdivisão das populações de ToCV em dois grupos, com base na sequência da p22, denominados Tipo I (apenas isolados da Espanha) e Tipo II (isolados da Espanha e demais países). Os principais indicadores de variabilidade genética apresentaram valores relativamente baixos, mas com diferenciação genética entre as populações, com os isolados do Brasil sendo mais próximos geneticamente aos isolados da Coreia do Sul do que aos isolados da Espanha. A análise filogenética mostra que os isolados do Brasil formam um grupo monofilético com uma evidência de estruturação genética das subpopulações baseada na origem geográfica. A mutação parece ser o principal mecanismo de variabilidade genética entre os isolados analisados e uma seleção negativa ou purificadora pode estar atuando na manutenção da sequência de aminoácidos da p22.
Abstract: Tomato chlorosis virus (ToCV) (Crinivirus genus, Closteroviridae family) is considered an important pathogen for tomato production and has been reported in many countries, including Brazil. ToCV has a bipartite genome, consisting of two simple tapes RNA molecules of positive-sense, separately encapsidated in an elongated and flexuous particle. ToCV is naturally transmitted by some whitefly species. Infected tomato plants display characteristic symptoms of internerval chlorosis, vigor reduction, and consequently productivity decrease. However, little is known about the population structure of this virus in the country. Considering the species’ importance as a problem to tomato production chain, this study aimed to investigate the genetic structure of ToCV population on the basis of the complete ORF2 sequence, which encodes the p22 protein, described as a gene silencing suppressor. The study was based on the sequences of isolates obtained from Solanum lycopersicum (tomato) samples collected in 2015 and 2016 in the states of Goiás (GO), Paraná (PR), and Rio de Janeiro (RJ), Brazil. Twenty-eight clones were obtained and their nucleotide sequences were analyzed together with other sequences obtained from GenBank. The nucleotide sequences of isolates from Brazil were compared to South Korean (KOR) and Spanish (ESP) isolates. Results confirm the subdivision of ToCV population into two groups on the basis of nucleotide sequence of p22 gene, denominated Type I (only Spanish isolates), and Type II (isolates from Spain and other countries). The main indicators of genetic variability presented relatively low values, but with genetic differentiation among the populations, in relation to Brazilian isolates, and they are genetically closest to South Korean than to Spanish isolates. Phylogenetic analysis shows that the Brazilian isolates form a monophyletic group with evident genetic structure of subpopulations on the basis of geographic origin. Mutation seems to be the main mechanism of genetic variability among the analyzed isolates, and a negative or purifying selection may be acting to maintain the amino acid sequence of p22.
Keywords: Solanum lycipersicum
Variedade genética
ToCV
metadata.dc.subject.cnpq: CIENCIAS AGRARIAS
metadata.dc.language: por
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Instituto Federal Goiano
metadata.dc.publisher.initials: IFGoiano
metadata.dc.publisher.department: Campus Morrinhos
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Olericultura
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
URI: https://repositorio.ifgoiano.edu.br/handle/prefix/98
Issue Date: 29-Sep-2017
Appears in Collections:Mestrado em Olericultura

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