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dc.contributor.advisor1Menezes, Ivandilson-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/3265810851746141pt_BR
dc.contributor.advisor-co1Araújo, Fernando Godinho-
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4958960432206028pt_BR
dc.contributor.advisor-co2Malagi, Gustavo-
dc.contributor.advisor-co2Latteshttp://lattes.cnpq.br/1564280704553648pt_BR
dc.contributor.referee1Menezes, Ivandilson-
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dc.contributor.referee2Malagi, Gustavo-
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/1564280704553648pt_BR
dc.contributor.referee3Catelli, Lizandra Lucy-
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/2014745450485966pt_BR
dc.creatorAlvarenga, Pâmela Martins-
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/5971313921678482pt_BR
dc.date.accessioned2019-07-17T10:37:15Z-
dc.date.available2019-07-16-
dc.date.available2019-07-17T10:37:15Z-
dc.date.issued2019-04-30-
dc.identifier.urihttps://repositorio.ifgoiano.edu.br/handle/prefix/477-
dc.description.abstractThe cyst nematode (NCS) is one of the most damaging pathogens in soybean producing areas. With their high genetic variability, the use of DNA markers became useful tools to break this barrier because it presents a high degree of identification of source of variation of genetic resistance. The objective of this work was to determine candidate SNPs molecular markers linked to resistance to NCS, race 14, in Brazilian soybean cultivars. The experiment was conducted in a greenhouse in a completely randomized design, each experimental unit was characterized by a group of 6 tubes with 6 replicates. The distribution of the 46 cultivars was randomly, also for the differentiating series, which were seeded in plastic trays with a capacity of 54 tubes of 180cm³, filled with soil and medium sand in the proportion of 1: 3, with 2 seeds per tube. 3000 eggs were inoculated, and after 30 days, the number of females per root was quantified. The reactions were determined by the female index (IF). Databases were used to associate genetic markers to NCS race 14 genes such as NCBI, Scopus, Science Direct and CAPES Periods, as well as the SoyBase platform to track SNPs. A total of 46 cultivars were genotyped considering a coefficient of ancestry coefficient (≥ 0.70) for each genetic group, but it is not, however, an organization coincident with a response of resistance and susceptibility to NCS. Among the 46 cultivars tested only TMG 4182, BRS MT Pintado were resistant (4%) in the phenotypic test while BRS GO Chapadões, BRS GO Ipameri, NK 7059, BMX Extra, BRS 263, SYN 1059, BMX Focus, CD 237, NK 7059 expressed moderate resistance (17%), all of which were postulated as candidates for the search for SNP-type markers linked to NCS resistance, race 14.. Of the 48 SNPs markers screened in the SoyBase based on the literature, only 6 markers, Gm16_33360539_T_C; Gm16_35700223_G_T; Gm17_32038975_T_G; Gm18_1620585_T_C; Gm18_3169557_A_C and Gm18_4680723_C_T, showed compatibility with the results obtained by mapping the 316 SNPs candidates for resistance to NCS, race 14. The collection of commercial soybean cultivars evaluated showed a significant genetic divergence and structured in two main groups with slight signs of substructure for ΔK = 5 and 7, highlighting the growing mixed ancestry among the cultivars. The correlation between the phenotypic and molecular results indicated that only the SNPs markers 60, 110 and 244 were related to the low nematode infestation, being these candidates for resistance to the soybean cyst nematode race 14. The SNP 110 marker showed a very high correlation (-0.40), in addition to having direct effect with the SNPs markers 60 and 244 with binding to the IF variable, becoming the main candidate marker.pt_BR
dc.description.resumoO nematoide de cisto (NCS) é um dos patógenos que mais causa prejuízos em áreas produtores de soja. Com sua alta variabilidade genética o uso dos marcadores de DNA tornou-se uma ferramenta útil para romper essa barreira por apresentar alto grau de identificação de fonte de variação de resistência genética. O objetivo do trabalho foi determinar marcadores moleculares tipo SNPs candidatos ligados à resistência à NCS, raça 14, em cultivares de soja brasileiras. O experimento foi conduzido em casa de vegetação em delineamento inteiramente casualizado, com cada unidade experimental caracterizada por um grupo de 6 tubetes com 6 repetições. A distribuição das 46 cultivares foi de forma aleatória, igualmente para série diferenciadora, que foram semeadas em bandejas plásticas com capacidade de 54 tubetes de 180cm³, preenchidos com solo e areia média na proporção de 1:3, com 2 sementes por tubete. Foram inoculados 3000 ovos, e depois de 30 dias, quantificado o número de fêmeas por raiz. As reações foram determinadas pelo índice de fêmeas (IF). Utilizaram-se bancos de dados para associar marcadores genéticos aos genes de NCS raça 14 como NCBI, Scopus, Science Direct e Periódicos CAPES, além da plataforma SoyBase para rastrear SNPs próximos aos marcadores selecionados. Foram genotipados 46 cultivares considerando para cada grupo genético um valor limite do coeficiente de ancestralidade (≥ 0,70), mas não apresentaram, porém, uma organização coincidente com a resposta de resistência e suscetibilidade ao NCS. Entre as 46 cultivares testadas apenas TMG 4182, BRS MT Pintado foram resistentes (4%) no teste fenotípico enquanto BRS GO Chapadões, BRS GO Ipameri, NK 7059, BMX Extra, BRS 263, SYN 1059, BMX Foco, CD 237, NK 7059 expressaram moderada resistência (17%), sendo todas essas postuladas como candidatas para a busca de marcadores do tipo SNPs ligados à resistência do NCS, raça 14. Dentre os 48 marcadores SNPs rastreados no SoyBase baseados na literatura, apenas 6 marcadores, Gm16_33360539_T_C; Gm16_35700223_G_T; Gm17_32038975_T_G; Gm18_1620585_T_C; Gm18_3169557_A_C e Gm18_4680723_C_T, apresentaram compatibilidade com os resultados adquiridos através do mapeamento dos 316 SNPs candidatos à resistência ao NCS, raça 14. A coleção de cultivares comerciais de soja avaliada apresentou uma expressiva divergência genética e estruturada em dois grupos principais, com leves sinais de subestruturação para ∆K=5 e 7, destacando a crescente ancestralidade mista entre as cultivares. A correlação entre os resultados fenotípicos e moleculares indicou que apenas os marcadores SNPs 60, 110 e 244 estiveram relacionados à baixa infestação de nematóides, sendo estes candidatos à resistência ao nematoide de cisto da soja, raça 14. O marcador SNP 110 apresentou correlação consideravelmente alta (-0,40), além de possuir efeito direto com os marcadores SNPs 60 e 244 com ligação à variável IF, tornando-se o principal marcador candidato.pt_BR
dc.description.provenanceSubmitted by Pâmela Martins Alvarenga (2017101330540150@ifgoiano.edu.br) on 2019-07-16T18:18:24Z No. of bitstreams: 1 dissertação__pâmela martins alvarenga.pdf: 3105126 bytes, checksum: d5bec878e78220db76e97979c5ec6881 (MD5)en
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dc.languageporpt_BR
dc.publisherInstituto Federal Goianopt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentCampus Urutaípt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Proteção de Plantaspt_BR
dc.publisher.initialsIF Goianopt_BR
dc.relationApoio: Nidera Seeds Brasil Ltda; Embrapa Soja e Eurofins Biodiagnostics Inc. (EBDI).pt_BR
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dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.subjectGlycines max. Heterodera glycines. RAPD. SoyBase. SSR.pt_BR
dc.subject.cnpqCIENCIAS AGRARIASpt_BR
dc.titleMARCADORES MOLECULARES TIPO SNP’s CANDIDATOS LIGADOS À RESISTÊNCIA A NEMATOIDE DE CISTO DE SOJA RAÇA 14 EM CULTIVARES DE SOJA BRASILEIRASpt_BR
dc.title.alternativeMolecular markers type SNP's candidates linked to nematode resistance of soybean breed 14 cyst in Brazilian soybean cultivarspt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR
Aparece nas coleções:Mestrado em Proteção de Plantas

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