Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://repositorio.ifgoiano.edu.br/handle/prefix/108
Registro completo de metadados
Campo DCValorIdioma
dc.contributor.advisor1Albuquerque, Leonardo Cunha d-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/9488264460420403pt_BR
dc.contributor.referee1Albuquerque, Leonardo Cunha de-
dc.contributor.referee2Pontes, Nadson de Carvalho-
dc.contributor.referee3Barbosa, Júlio César-
dc.creatorBoff, Luis Henrique-
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2799759112262776pt_BR
dc.date.accessioned2018-11-23T10:34:28Z-
dc.date.available2018-11-23T10:34:28Z-
dc.date.issued2018-09-25-
dc.identifier.urihttps://repositorio.ifgoiano.edu.br/handle/prefix/108-
dc.description.abstractTomato chlorosis virus (ToCV) (genus Crinivirius, family Closteroviridae) infects tomato (Solanum lycopersicum) crops in Brazil and in other countries, reducing productivity. Visible symptoms are chlorotic spots and leaf necrosis. Transmission occurs by Bemisia tabaci, B. argentifolii, Trialeurodes vaporariorum and T. abutilonea flies, in a semipersistent way ToCV has bipartite genome, RNA1 (4 ORF) (open reading frames) and RNA2 (9 ORF). The aim of this study was to adapt the use of bioinformatics tools using genetic sequences from the RdRp, P22 and Hsp70h ORFs of ToCV isolates to determine genetic variability and obtain phylogenetic trees. Sequences were obtained from 16 isolates from tomato leaf samples collected in Brazil, in Brasília (Federal District, n = 7) and Goianápolis (Goiás, n = 9), with sequences from 43 isolates obtained from the GenBank database. Four populations (Brazil n = 17, China n = 16, South Korea n = 9 and Spain n = 15) were analyzed using methods (Muscle, ModelTest, Bayesian Inference and SLAC) and bioinformatics tools (Mega, Paup, Figtree, DNAsp and DataMonkey) to obtain descriptors of genetic variability and phylogenetic trees. The results indicate that among the genomic regions of the analyzed isolates, RdRp presents higher genetic differentiation and P22 shows higher nucleotide diversity and selection pressure, compared to the other ORFs analyzed. The analyzed Brazilian isolates showed lower nucleotide diversity and higher genetic neutrality when compared to the other analyzed populations. The analyzed Brazilian isolates present a possible evolutionary proximity with some South Korean isolates.pt_BR
dc.description.resumoTomato chlorosis virus (ToCV) (gênero Crinivirius, família Closteroviridae) infecta cultivos de tomateiro (Solanum lycopersicum) no Brasil e em outros países, reduzindo a produtividade. Sintomas visíveis são manchas cloróticas e necrose das folhas. A transmissão ocorre pelas espécies de mosca Bemisia tabaci, B. argentifolii, Trialeurodes vaporariorum e T. abutilonea, de forma semipersistente. ToCV possui genoma bipartido, RNA1 (4 ORF) (open reading frames) e RNA2 (9 ORF). Objetivou-se adequar o uso de ferramentas de bioinformática, utilizando sequências genéticas das ORFs RdRp, P22 e Hsp70h de isolados de ToCV para determinar a variabilidade genética e obter árvores filogenéticas. As sequências foram obtidas de 16 isolados provenientes de amostras foliares de tomateiro coletadas no Brasil, em Brasília (Distrito Federal, n=7) e Goianápolis (Goiás, n=9), junto a sequências de 43 isolados obtidas no banco de dados GenBank. Quatro populações (Brasil n=17, China n=16, Coreia do Sul n=9 e Espanha n=15) foram analisadas usando métodos (Muscle, ModelTest, Inferência Bayesiana e SLAC) e ferramentas de bioinformática (Mega, Paup, MrBayes, Figtree, DNAsp e DataMonkey) para obtenção de descritores de variabilidade genética e árvores filogenéticas. Os resultados indicam que dentre as regiões genômicas dos isolados analisados, a RdRp apresenta maior diferenciação genética e a P22 apresenta maior diversidade nucleotídica e pressão de seleção, comparadas às demais ORFs analisadas. Os isolados brasileiros analisados apresentam menor diversidade nucleotídica e maior neutralidade genética quando comparados às demais populações analisadas. Os isolados brasileiros analisados apresentam possível proximidade evolutiva com alguns isolados da Coreia do Sul.pt_BR
dc.description.provenanceSubmitted by Morgana Bruno Henrique Guimaraes (morgana.guimaraes@ifgoiano.edu.br) on 2018-11-23T10:34:28Z No. of bitstreams: 1 Luis Henrique Boff. Dissertação_v_0.6.pdf: 2019293 bytes, checksum: c644a3a5700a6a10e521a0639a4da4a6 (MD5)en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2018-11-23T10:34:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luis Henrique Boff. Dissertação_v_0.6.pdf: 2019293 bytes, checksum: c644a3a5700a6a10e521a0639a4da4a6 (MD5) Previous issue date: 2018-09-25en
dc.languageporpt_BR
dc.publisherInstituto Federal Goianopt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentCampus Morrinhospt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Olericulturapt_BR
dc.publisher.initialsIF Goianopt_BR
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.subjectVariabilidade Genéticapt_BR
dc.subjectToCVpt_BR
dc.subjectSolanum lycopersicumpt_BR
dc.subject.cnpqCIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIApt_BR
dc.titleANÁLISE COMPUTACIONAL: DIVERSIDADE GENÉTICA DE TOMATO CHLOROSIS VIRUS INFECTANDO TOMATEIROpt_BR
dc.title.alternativeComputational analysis: genetic diversity of Tomato chlorosis virus infecting tomato plant.pt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR
Aparece nas coleções:Mestrado em Olericultura

Arquivos associados a este item:
Arquivo Descrição TamanhoFormato 
Luis Henrique Boff. Dissertação_v_0.6.pdfDissertação1,97 MBAdobe PDFVisualizar/Abrir
Mostrar registro simples do item Recomendar este item Visualizar estatísticas


Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.