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https://repositorio.ifgoiano.edu.br/handle/prefix/108
Tipo: | Dissertação |
Título: | ANÁLISE COMPUTACIONAL: DIVERSIDADE GENÉTICA DE TOMATO CHLOROSIS VIRUS INFECTANDO TOMATEIRO |
Título(s) alternativo(s): | Computational analysis: genetic diversity of Tomato chlorosis virus infecting tomato plant. |
Autor(es): | Boff, Luis Henrique |
Primeiro Orientador: | Albuquerque, Leonardo Cunha d |
Primeiro Membro da Banca: | Albuquerque, Leonardo Cunha de |
Segundo Membro da Banca: | Pontes, Nadson de Carvalho |
Terceiro Membro da Banca: | Barbosa, Júlio César |
Resumo: | Tomato chlorosis virus (ToCV) (gênero Crinivirius, família Closteroviridae) infecta cultivos de tomateiro (Solanum lycopersicum) no Brasil e em outros países, reduzindo a produtividade. Sintomas visíveis são manchas cloróticas e necrose das folhas. A transmissão ocorre pelas espécies de mosca Bemisia tabaci, B. argentifolii, Trialeurodes vaporariorum e T. abutilonea, de forma semipersistente. ToCV possui genoma bipartido, RNA1 (4 ORF) (open reading frames) e RNA2 (9 ORF). Objetivou-se adequar o uso de ferramentas de bioinformática, utilizando sequências genéticas das ORFs RdRp, P22 e Hsp70h de isolados de ToCV para determinar a variabilidade genética e obter árvores filogenéticas. As sequências foram obtidas de 16 isolados provenientes de amostras foliares de tomateiro coletadas no Brasil, em Brasília (Distrito Federal, n=7) e Goianápolis (Goiás, n=9), junto a sequências de 43 isolados obtidas no banco de dados GenBank. Quatro populações (Brasil n=17, China n=16, Coreia do Sul n=9 e Espanha n=15) foram analisadas usando métodos (Muscle, ModelTest, Inferência Bayesiana e SLAC) e ferramentas de bioinformática (Mega, Paup, MrBayes, Figtree, DNAsp e DataMonkey) para obtenção de descritores de variabilidade genética e árvores filogenéticas. Os resultados indicam que dentre as regiões genômicas dos isolados analisados, a RdRp apresenta maior diferenciação genética e a P22 apresenta maior diversidade nucleotídica e pressão de seleção, comparadas às demais ORFs analisadas. Os isolados brasileiros analisados apresentam menor diversidade nucleotídica e maior neutralidade genética quando comparados às demais populações analisadas. Os isolados brasileiros analisados apresentam possível proximidade evolutiva com alguns isolados da Coreia do Sul. |
Abstract: | Tomato chlorosis virus (ToCV) (genus Crinivirius, family Closteroviridae) infects tomato (Solanum lycopersicum) crops in Brazil and in other countries, reducing productivity. Visible symptoms are chlorotic spots and leaf necrosis. Transmission occurs by Bemisia tabaci, B. argentifolii, Trialeurodes vaporariorum and T. abutilonea flies, in a semipersistent way ToCV has bipartite genome, RNA1 (4 ORF) (open reading frames) and RNA2 (9 ORF). The aim of this study was to adapt the use of bioinformatics tools using genetic sequences from the RdRp, P22 and Hsp70h ORFs of ToCV isolates to determine genetic variability and obtain phylogenetic trees. Sequences were obtained from 16 isolates from tomato leaf samples collected in Brazil, in Brasília (Federal District, n = 7) and Goianápolis (Goiás, n = 9), with sequences from 43 isolates obtained from the GenBank database. Four populations (Brazil n = 17, China n = 16, South Korea n = 9 and Spain n = 15) were analyzed using methods (Muscle, ModelTest, Bayesian Inference and SLAC) and bioinformatics tools (Mega, Paup, Figtree, DNAsp and DataMonkey) to obtain descriptors of genetic variability and phylogenetic trees. The results indicate that among the genomic regions of the analyzed isolates, RdRp presents higher genetic differentiation and P22 shows higher nucleotide diversity and selection pressure, compared to the other ORFs analyzed. The analyzed Brazilian isolates showed lower nucleotide diversity and higher genetic neutrality when compared to the other analyzed populations. The analyzed Brazilian isolates present a possible evolutionary proximity with some South Korean isolates. |
Palavras-chave: | Variabilidade Genética ToCV Solanum lycopersicum |
Área do CNPq: | CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA |
Idioma: | por |
Pais: | Brasil |
Editor: | Instituto Federal Goiano |
Sigla da Instituição: | IF Goiano |
Campus: | Campus Morrinhos |
Programa/Curso: | Programa de Pós-Graduação em Olericultura |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
URI: | https://repositorio.ifgoiano.edu.br/handle/prefix/108 |
Data do documento: | 25-Set-2018 |
Aparece nas coleções: | Mestrado em Olericultura |
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Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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Luis Henrique Boff. Dissertação_v_0.6.pdf | Dissertação | 1,97 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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